Долго мучился с этим, то работало то нет. Теперь наконец-то разобрался в чём дело. Если у вас включено на сайте кеширование (а рано или поздно вы его включите т.к. оптимизировать и кскорять сайт придется особенно если VirtueMart стоит), то вероятно столкнётесь с проблемой что при заходе в админку верхнее меню неактивно. Первоначально я думал что проблемы в коде и заливал старые файлы админке на сервер, до сегодняшнего дня помогало. Сегодня не помогло. Стал искать в интернетах, не смог найти ничего толкового. Вообщем путём проб и ошибок выяснил, что активность верхнего меню в админке зависит именно от кеширования, а значит чтобы оно было всё время активно надо отключить кеширование этого элемента. Так как меню у меня было уже не активно, то чтобы зайти в "менеджер модулей" я в строке браузера написал адрес: http://www.адрес_вашего_сайта.ru/administrator/index.php?option=com_modules там две вкладки, переходим на "Административное меню", вот ссыла если что http://www.
Нашел решение — поделюсь... :)